Gereja kemudian dikelola oleh De Indische Kerk (sebelumnya bernama De Protestantche Kerk), institusi perwalian gereja Protestan yang didirikan di Ambon, Maluku tahun 1605.
Pada masa pendudukan Belanda, gereja ini khusus diperuntukan untuk jemaat Kristen Protestan warga Eropa dan warga Ambon yang saat itu banyak menjadi serdadu.
Hal itu yang menyebabkan GPIB Beth-El Magelang dulu sering disebut sebagai gereja Ambon. Sedangkan jemaat pribumi dibangunkan gereja lainya di daerah Kebonpolo yang didirikan tahun 1927.
Pasca kemerdekaan Indonesia, De Indische Kerk melepas tanggung jawab pengelolaan gereja dan menyerahkannya ke De Protestansche Kerk in Westelijk Indonesia (GPIB) pada 31 Oktober 1948.
Baca Juga:Perayaan Natal di Cilacap, Sosok Sinterklas Menari Sufi
Sejauh catatan sejarah yang diketahui, bangunan gereja GPIB Beth-El Magelang belum pernah dipugar. Perawatan gedung hanya sebatas renovasi ringan dan beberapa kali pengecatan ulang.
Kontributor : Angga Haksoro Ardi
