Setelah melewati berbagai macam halangan, akhirnya klub ini resmi berdiri dengan nama Ilhwa Chunma Football Club pada 1989.
Kejayaan klub ini langsung hadir di awal 90-an. Mereka mampu menjuarai K-League selama tiga musim beruntun dari 1993 sampai 1995.
Mereka juga menjuarai Liga Champions Asia pada 1995. Shin Tae-yong sendiri adalah salah satu legenda terbesar Seongnam. Baik itu sebagai pemain maupun manajer.
Shin Tae-yong berperan sebagai pemain saat Seongnam memenangi Liga Champions perdananya di 1995. Lima belas tahun berselang ia menjuarainya lagi sebagai pelatih.
Hal ini belum pernah terjadi dalam sejarah sepak bola Korea Selatan. Pada 1996, klub ini harus pindah ke luar Seoul sehingga membuat nama klub berubah menjadi Cheonan Ilhwa Chunma. Meski sempat kesulitan, mereka berhasil menjuarai Korean FA Cup pada 1999.
Kemudian pada tahun 2000, klub pindah lagi ke Seongnam dan mengubah namanya menjadi Seongnam Ilhwa Chunma. Perpindahan ini menjadikan Seongnam FC kembali berjaya dengan menjuarai K-League dari 2001 hingga 2003.
Performa Seongnam sempat naik turun dalam 10 tahun terakhir. Setelah menjuarai Liga Champions Asia kedua mereka pada 2010, Seongnam FC kesulitan bersaing di liga.
Mereka bahkan sempat terdegradasi ke Divisi Kedua Liga Korea pada 2017, namun mampu kembali promosi ke divisi teratas lagi pada 2019.
Di musim 2021 menyelesaikan musim reguler K-League di urutan ke-11 dari 12 tim dan harus mengikuti play-off untuk menghindari degradasi ke K-League 2.
Akan tetapi, Seongnam FC akhirnya tidak bisa menyelamatkan diri mereka di musim 2022. Klub berjuluk The Magpies ini turun kasta ke K League 2 usai finis di peirngkat ke-12 dan kalah di play-off degradasi.
