Sekitar pukul 09.00 WIB, kapal tersebut terhempas angin dan terbalik. Akibat kejadian tersebut, dua penumpang meninggal dunia dan lima orang lainnya selamat.
Lima korban selamat terdiri atas Subagyo Antoro yang merupakan nakhoda, Diki dan Melga selaku anak buah kapal, Suheris (sopir truk), serta Sulianto (penumpang).
Sementara dua korban meninggal dunia terdiri atas Wahyu yang merupakan petugas lapas dan Kardim selaku sopir truk.
Oleh karena seluruh penumpang telah ditemukan dan dipastikan tidak ada korban lainnya, operasi pencarian dan pertolongan terhadap korban kecelakaan Kapal Pengayoman IV diakhiri pada Jumat (17/9) sore.
Baca Juga:Ini Kronologi Tenggelamnya Kapal Pengayoman IV di Perairan Nusakambangan
Berdasarkan catatan ANTARA, Kapal Pengayoman IV merupakan bantuan program pertanggungjawaban sosial perusahaan (corporate social responsibility/CSR) dari PT Holcim Indonesia Tbk (sebelum berganti nama menjadi PT Solusi Bangun Indonesia Tbk sejak diakuisisi PT Semen Indonesia (Persero) Tbk, red.) untuk Kementerian Hukum dan HAM dalam rangka mendukung operasional lapas di Pulau Nusakambangan.
Kapal yang diserahkan oleh Direktur Hukum dan Korporasi PT Holcim Indonesia Tbk Janus O Hutapea kepada Sekretaris Jenderal Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Bambang Rantam di Cilacap pada tanggal 23 Maret 2013 itu merupakan kapal feri jenis Ro-Ro 90 GRT dengan ukuran panjang 27 meter dan lebar lambung 7 meter.
Kapal yang mampu mengangkut 80 penumpang dengan empat truk, satu truk mikser, dan dua mobil tersebut dapat melaju dengan kecepatan 8 knot dan "draft" (aliran udara, red.) 1,8 meter.